Mới đây, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 13, hướng dẫn thi hành Nghị định số 49 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT). Thông tư này có Nghị định từ ngày 14/4/2023 nhằm tạo nhiều thuận lợi cho người nộp thuế.
Thời gian vừa qua, Bộ Tài chính đã nhận được công văn của nhiều doanh nghiệp phản ánh chính sách pháp luật chuyên ngành có những điểm chưa thống nhất với chính sách pháp luật thuế khiến nhiều doanh nghiệp gặp khó khăn trong hoàn thuế VAT đối với các dự án đầu tư, đặc biệt là các dự án lớn cần nhiều vốn.
Thông tư số 13 của Bộ Tài chính đã thông nhất nội dung phù hợp thực tế.
Theo đó, để đảm bảo được hiệu quả đầu tư, có không ít dự án đã phải chia thành nhiều giai đoạn, hạng mục đầu tư. Trong đó, có giai đoạn, hạng mục đầu tư hoàn thành, doanh nghiệp tiến hành thực hiện sản xuất kinh doanh, còn lại các giai đoạn, hạng mục khác vẫn tiếp tục đầu tư.
Thế nhưng, một số dự án của các doanh nghiệp đã hoàn thành và đi vào kinh doanh nhưng phải mất đến 2 - 3 tháng sau, thậm chí 1 năm doanh nghiệp mới tập hợp đủ chứng từ và lập hồ sơ xin hoàn thuế giá trị gia tăng (VAT) phát sinh trong giai đoạn đầu tư.
Trong khi đó, trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế đối với dự án đầu tư, nếu dự án đầu tư đã hoàn thành mà phát sinh doanh thu, trường hợp doanh nghiệp chưa lập hồ sơ hoàn thuế thì cơ quan quản lý thuế không thực hiện giải quyết hoàn thuế cho doanh nghiệp.
Trước tình hình này, Bộ Tài chính khẳng định việc áp dụng quy định tại Luật Thuế GTGT, toàn bộ số thuế VAT đầu vào phục vụ cho giai đoạn đầu tư được hoàn thuế VAT và việc lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế VAT đối với dự án đầu tư là quyền lợi của doanh nghiệp.
Vì vậy, việc ban hành Thông tư số 13, hướng dẫn thi hành Nghị định 49 của Bộ Tài chính đã thống nhất nội dung hướng dẫn và phù hợp với thực tế.
Đáng chú ý, việc hoàn thuế chỉ được áp dụng cho các dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên
Tuy nhiên, việc Luật thuế GTGT không quy định dự án đầu tư có thời gian từ 1 năm trở lên thì được hoàn thuế VAT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm. Quy định này dẫn đến có cách hiểu dự án đầu tư có số thuế VAT đầu vào chưa được khấu trừ hết trên 300 triệu đồng nhưng thời gian đầu tư dưới 1 năm thì không được hoàn thuế VAT.
