V-League 2022, Sài Gòn FC đứng cuối bảng và nhận vé xuôi ngược xuống Giải hạng Nhất quốc gia 2022. Ngay sau trận đấu cuối cùng ở mùa giải, toàn bộ thành viên, gồm ban huấn luyện và các cầu thủ đã nhận giấy thanh lý từ CLB chủ quản. Thậm chí, khó khăn về mặt kinh tế khiến Sài Gòn FC còn trả lại trụ sở làm việc và đại bản doanh ở Trung tâm Thể thao Thành Long.
Mùa giải 2023, khi Ban tổ chức phát đi thông báo mở cửa đăng ký tham dự các giải đấu thuộc hệ thống bóng đá chuyên nghiệp quốc gia, Sài Gòn FC cùng Phù Đổng và Cần Thơ là 3 đội không đăng ký tham dự Giải hạng Nhất quốc gia. Giới chuyên môn điều hiểu bài toán kinh tế khiến 3 đội gặp khó trong quá trình hoạt động. Để tạo điều kiện cho các CLB tìm kiếm nhà tài trợ, Ban tổ chức đã dời hạn đăng ký mới đến ngày 6-2.
Cuối cùng, chỉ có Phù Đổng và Sài Gòn FC đã hoàn tất thủ tục đăng ký, còn Cần Thơ thì giữ vững “động thái im lặng”. Nếu Phù Đồng vẫn còn quân số, kiếm được nhà tài trợ và đại bản doanh đóng ở Thanh Trì, thì trường hợp của Sài Gòn FC đăng ký dự mùa giải 2023 đầy bất ngờ. Theo tìm hiểu, đến thời điểm hiện tại, đại diện đến từ miền Nam vẫn chưa có ban huấn luyện, cầu thủ, sân tập, nơi ăn chốn ở...
Điều này đặt ra sự nghi ngờ rằng Sài Gòn FC đăng ký vì mục đích khác, chứ không hẳn sẽ tham dự Giải hạng Nhất quốc gia 2023. Có tin đồn cho rằng, họ đăng ký để rao bán lại suất của mình cho một đơn vị khác. Tất nhiên, mọi thứ chỉ dừng ở mức tin đồng.
Đến thời điểm hiện tại, khi Ban tổ chức đã khóa sổ đăng ký, đã có 11/12 đội chính thức tham dự Giải hạng Nhất quốc gia 2023. Giải đấu dự kiến khởi tranh vào đầu tháng 4 tới.
